Pneumonie : un programme de recherche pour comprendre le rôle du microbiome respiratoire

Car si le microbiote intestinal est connu et son rôle dans différentes maladies de plus en plus documenté, l’étude du microbiote respiratoire - et plus encore du microbiome - est récente. PHENOMENON est aujourd'hui la seule équipe au monde à l’étudier dans des cohortes multicentriques sur des durées prolongées de plusieurs mois. Le lien entre le résistome, la composition du microbiome respiratoire et la réponse au traitement antibiotique, sera étudié pour la première fois. "Ces spécificités font de PHENOMENON un programme de recherche du type "hauts risques, hauts gains", indique le Pr Antoine Roquilly, co-porteur du projet, Service d’Anesthésie-réanimation du CHU de Nantes. "Autrement dit, son potentiel et son impact sont particulièrement forts face aux défis soulevés par le développement de l’antibiorésistance et des fréquents échecs des traitement actuels."
 

"Le potentiel du projet et son impact sont particulièrement forts face aux défis soulevés par le développement de l’antibiorésistance et des fréquents échecs des traitement actuels" Antoine ROQUILLY

Une approche multicentrique, de Nantes à Paris

Des études récentes ont montré que malgré des traitements antimicrobiens répondants au standard des soins, les échecs thérapeutiques restent fréquents. Des échecs que la microbiologie traditionnelle ne parvient pas à expliquer. Le programme PHENOMENON repose donc sur l’hypothèse que la composition du microbiome respiratoire au départ est intimement associée aux risques d’émergence de résistance et donc d’échec thérapeutique chez les personnes touchées par la pneumonie. "Face à ces contacts, nous devions avoir une approche multi-expertises : experts de la pneumonie, microbiologistes spécialistes de l’antibiorésistance, du microbiome et du résistome, experts de la recherche translationnelle et des modèles animaux de dysbioses pulmonaires", souligne le Pr Jean-François Timsit, co-porteur du projet, chef du service de Médecine intensive et réanimation infectieuse Hôpital Bichat - Claude Bernard, AP-HP. "Cette approche multicentrique, de Nantes à Paris, est l’une des forces du projet."

Tout l’enjeu du projet réside dans la démonstration qu’une modification spécifique du microbiome, fondée sur des sous-phénotypes de pneumonies communautaires ou acquises sous ventilation définis en fonction de la présence de gènes de résistance aux antibiotiques, peut améliorer la prise en charge de la pneumonie, l’infection respiratoire la plus fréquente au niveau mondial. "La réponse que peut apporter le programme de recherche face à l’antibiorésistance est d’autant plus importante qu’elle peut largement influencer la pratique quotidienne des professionnels de santé face à la pneumonie et donc changer la donne pour des centaines de milliers, voire des millions de patients. Rappelons que l’antibiorésistance pourrait devenir la principale cause de décès dans le monde d’ici 2050", conclut le Dr Golriz Pahlavan, administratrice de MSDAVENIR et directrice médicale MSD France.